尿路感染对人体健康有着相当大的危害，预防尿路感染（尤其对经常反复发作的感染）成为临床医生长期重视的课题。已有些措施正在为临床医师日常应用，如个人的会阴部卫生，性生活后单次口服抗菌药物，感染经常复发者采用少量抗菌药物长期应用等。由于近十余年来对于尿路感染的发病机制的认识有了很大进展，为尿路感染预防的研究提供了新的思路。
第一，已知在反复发作尿路感染患者的尿路上皮细胞与大肠杆菌结合，按每个细胞计算远比正常人为多。这种现象与尿路上皮细胞分泌的粘蛋白有关。若上皮细胞不具有分泌表型者则细胞表面易与大肠杆菌的gal-gal鞭毛相结合而使细菌定居与繁殖。反之，若上皮细胞有分泌粘蛋白的能力，入侵细菌不能与上皮细胞表面的受体结合。于是在处理易感染者即缺乏分泌粘蛋白的患者，宜着重应用有效的抗菌药物，并应注意改善患者的全身情况。
第二，鉴于对粘蛋白化学结构研究的进展，有可能研制模拟尿路上皮的P型或I型菌毛受体的可溶性寡糖或其类似物，使和病原菌的菌毛粘附素与细胞受体结合相竞争，从而保护易感的尿路上皮。
第三，人们早已想到利用细菌免疫以预防肾盂肾炎及多次发作的感染。亦曾用大肠杆菌或其抗原及菌毛作疫苗，但效果不显着。其原因或因疫苗系由一种细菌制成，而尿路感染的病原菌却为数众多，由一种细菌制成之疫苗难以奏效。据报告，用多种细菌包括大肠杆菌、变形杆菌、莫肯尼杆菌、克雷伯杆菌及粪链球菌等所制成的疫苗，受疫苗接种组的复发率较对照组为低。
这些新思路为尿路感染预防提供了新的方向，但是研究还不成熟。日常生活中仍应该注重预防，例如注意个人卫生，尽量避免使用尿路器械和插管，坚持大量饮水，慢性尿路感染病人，要耐心按医嘱坚持治疗，不要随意停药，即使症状消失后也要定期到医院复查，直至尿细菌培养数次正常之后，或按计划治疗疗程结束之后未再复发者才可停药。
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